O zastosowaniu split payment zadecyduje (w odniesieniu do każdej transakcji) nabywca towarów lub usług.
Nabywca korzystając z tego mechanizmu wypełni przelew i kwoty netto oraz VAT zostaną automatycznie rozdzielone przez system bankowy na kwotę netto, która zostanie przekazana na rachunek rozliczeniowy a kwota VAT zostanie przekazana na rachunek VAT, który zostanie otwarty automatycznie dla każdego rachunku rozliczeniowego.
Środki zgromadzone na rachunku VAT są cały czas własnością dostawcy, jednakże prawo do korzystania z nich jest ograniczone przepisami ustawy. W praktyce podatnik może wykorzystać środki zgromadzone na rachunku VAT na:
- zapłatę swojego zobowiązania VAT do urzędu skarbowego,
- zapłatę VAT swoim dostawcom na ich rachunki VAT,
- może wystąpić do naczelnika urzędu skarbowego o uwolnienie środków zgromadzonych na rachunku VAT na rachunek podstawowy.